適格合併

適格合併とは、税務上の一定の要件を満たすことによって、資産の含み損益に対する課税を繰り延べられる合併の区分をいいます。要件を満たさない場合は非適格合併となり、資産を時価で移転したものとして扱われて課税が生じます。医院の承継において合併が用いられる場面は限られますが、医療法人同士の組織再編を検討する際には避けて通れない論点です。

制度の趣旨を押さえておきます。合併によって消滅する法人の資産は、存続する法人に移ります。この移転を通常の売買と同じように扱えば、含み益のある資産について課税が生じます。診療所の土地を長年保有していて時価が取得価額を大きく上回っている場合、その差額に対して税負担が発生します。しかし合併は、事業を単に組織の形を変えて継続するものであり、資産を売って利益を得たわけではありません。実質的に事業が続いているのであれば、その時点で課税するのは適当でないという考え方から、要件を満たす場合には課税を先延ばしにする仕組みが設けられています。

要件は、当事法人の関係性によって区分されます。支配関係がある法人同士の合併と、そうした関係のない法人同士が共同で事業を行うための合併とで、求められる内容が異なります。共通して問われるのが、合併の対価として金銭等を交付しないことです。持分や株式の割当てのみによって行われることが基本となります。加えて、事業の継続が見込まれること、従業者の一定割合が引き続き従事することといった要件が課されます。共同で事業を行う場合には、事業の関連性や規模の近さといった要件も加わります。

医療法人に適用する際には、固有の難しさがあります。株式会社であれば株式の保有割合によって支配関係を判定できますが、医療法人には株式が存在しません。持分のある医療法人では出資持分の保有状況によって判定することが考えられますが、持分のない医療法人では判定の基礎となるものがありません。この場合、共同で事業を行うための合併としての要件によって判断することになります。判定の考え方は事案の内容によって整理が分かれるため、専門的な検討が不可欠です。

繰越欠損金の扱いも、この区分に左右されます。消滅する法人が保有していた繰越欠損金を存続法人が引き継げるかどうかは、適格に該当するかによって変わり、さらに引き継げる場合でも制限が課される場合があります。休眠状態の法人を取得して自らの利益と相殺するといった租税回避を防ぐための規定が置かれているためです。金額として残高があっても実際には使えないという結果になり得るため、価格の交渉においてこれを材料とする場合は、使える見込みを確認しておく必要があります。

もう一つ理解しておくべきなのが、課税の繰延べは免除ではないという点です。適格に該当すれば、合併の時点では課税されません。しかし資産は帳簿価額を引き継ぐ形になるため、将来その資産を売却した際に含み益が実現し、その時点で課税されます。負担がなくなるのではなく、時期が移るという性質です。

実務における位置づけとしては、クリニック一施設の承継で合併が用いられることはほとんどないため、この区分を検討する場面も限られます。医療法人の合併には都道府県知事の認可が必要であり、認可に際しては都道府県の医療審議会の意見を聴く手続きが設けられています。審議会は年に数回の開催であることが多く、日程がそれに左右されます。持分の譲渡や社員の入れ替えによる方法のほうが短期間で経営権を移せるため、そちらが選ばれます。

適格合併の判定が問題になるのは、複数の医療機関を運営する法人同士が組織を一体化させる場面、系列の法人をまとめて運営を効率化する場面などです。含み益のある不動産を保有している法人が関わる場合は、非適格と判定されたときの税負担が大きくなるため、設計の段階から検討が必要になります。

要件の判定は税法の解釈に関わる領域であり、医療法人という法人形態の特殊性も加わります。組織再編を検討する場合は、医療法人の税務に詳しい税理士に、適格に該当する見込みを含めて事前に確認することをおすすめします。