医療法人の持分あり・持分なしとは?クリニック継承の違いを解説|医療機関のM&A、譲渡、売却をお考えの皆様へ

医療法人の持分あり・持分なしとは?クリニック継承の違いを解説

コラム

医療法人の継承では「持分あり・持分なし」の確認が重要

クリニック継承や医療法人のM&Aを検討するとき、最初に確認しておきたい項目の一つが、その医療法人が「持分あり」なのか「持分なし」なのかという点です。

普段の診療や医院経営では意識する機会が少なくても、医療法人継承の場面では、この違いによって譲渡方法や財産の扱い、出資者との調整、税務上の検討事項などが変わります。

とくに、長年経営されてきた医療法人には「持分の定めのある医療法人」が残っているため、クリニック売却や第三者承継を進める前に定款や出資者名簿などを確認し、自法人がどちらに該当するのかを把握することが大切です。

また近年は、院長の高齢化や後継者不在を背景として、医院事業継承の重要性が高まっています。閉院を選択する前に、医療法人そのものを第三者に引き継ぐことができれば、患者さんの診療環境やスタッフの雇用、地域の医療機能を次世代へつなげられる可能性があります。

そのためにも、医療法人継承を検討する際は「自院はいくらで譲渡できるのか」だけではなく、法人の制度上の特徴を理解しておく必要があります。

 

医療法人の「持分」とは何か

医療法人における「持分」とは、一般的な株式会社の株式と同じものではありません。

持分の定めのある社団医療法人では、出資者が法人に対して一定の財産的な権利を持ちます。具体的には、定款の定めに基づき、退社した際の持分払戻請求や、法人解散時の残余財産に関する権利などが問題となります。

そのため、法人内部に長年利益が蓄積され、純資産が大きくなっている場合には、出資持分の評価額も設立時の出資額を大きく上回ることがあります。厚生労働省も、出資持分のある医療法人について、持分払戻請求や相続時の課税などが法人経営上の課題になり得ることを示しています。

一方、持分なし医療法人では、出資者個人に法人財産の持分が帰属する仕組みではありません。解散時の残余財産についても、国、地方公共団体、他の持分なし医療法人などに帰属させる仕組みとなっています。

この違いが、医院事業継承やクリニックM&Aの際の手続きや条件設定にも影響します。

 

「持分あり医療法人」とは

持分あり医療法人とは、正式には「持分の定めのある社団医療法人」と呼ばれる医療法人です。

現在、新たに持分あり医療法人を設立することはできません。2006年の医療法改正を受け、2007年4月1日以降に新設できる医療法人は原則として持分なし医療法人となりました。それ以前から存在する持分あり医療法人については経過措置が設けられ、現在も存続が認められています。

そのため、開業から長期間経過している医療法人を継承する場合には、持分あり医療法人である可能性があります。

持分あり医療法人の大きな特徴は、出資者が持分を保有していることです。たとえば院長が医療法人設立時に出資し、その後法人に利益が蓄積されている場合、その持分について財産的価値が生じる可能性があります。

クリニック継承の場面では、この出資持分をどのように扱うかが重要な検討事項になります。

 

「持分なし医療法人」とは

持分なし医療法人とは、出資者が法人財産について持分を有しない医療法人です。

2007年4月以降に設立された社団医療法人は、原則として持分なし医療法人となっています。また、従来の持分あり医療法人から持分なし医療法人へ移行する制度も設けられています。厚生労働省では現在も「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度」を運用しており、一定の要件を満たす医療法人について移行を支援しています。2026年8月時点で、この認定制度の期限は2029年12月31日までとされています。

持分なし医療法人では、法人に蓄積された財産について、特定の出資者が自らの持分として払戻しを求める仕組みではありません。

そのため、世代を超えて医療法人を継続させるという観点では、法人財産と個人財産を切り分けやすい制度設計になっています。

一方で、持分あり医療法人から持分なし医療法人へ移行する場合には、出資者の持分放棄や税務上の課題などを検討する必要があります。単純に定款を書き換えれば終わるというものではないため、税理士や医療法人制度に詳しい専門家との事前確認が重要です。

 

クリニック継承・M&Aでは何が違うのか

持分あり医療法人では「出資持分」の扱いが重要になる

持分あり医療法人の継承では、法人の経営権だけでなく、既存出資者が保有する出資持分をどう整理するかが大きな論点になります。

たとえば、理事長を後継者へ交代させただけでは、旧院長やその家族が保有している出資持分の問題が残る場合があります。

そのため第三者への医療法人継承では、社員や理事の交代とともに、出資持分をどのように移転・整理するのかを検討する必要があります。

ここで注意したいのは、「医療法人を継承すること」と「株式会社の株式を購入すること」は同じではないという点です。

社団医療法人では社員総会が法人運営上の重要な意思決定機関となり、社員と出資者も制度上は別の概念です。したがって、誰が社員になるのか、誰が理事・理事長になるのか、誰が持分を保有しているのかをそれぞれ確認する必要があります。

持分なし医療法人では法人運営体制の引き継ぎが中心になる

持分なし医療法人では、出資持分を売買して経営権を移転するという考え方ではありません。

そのため、医療法人継承では社員や理事、理事長など法人内部の運営体制をどのように変更するかが重要になります。

クリニックM&Aでは、単に「法人を買う」という表現が使われることがありますが、実務上は法人類型や定款、社員構成、役員構成などを確認したうえで承継方法を設計する必要があります。

持分なし医療法人だから手続きが単純というわけではなく、既存法人が保有する資産や負債、契約関係、スタッフ、医療機器、賃貸借契約などについても確認が必要です。

 

持分あり医療法人で特に注意したい「相続」の問題

持分あり医療法人の医院事業継承では、相続も重要な論点です。

出資者である院長が亡くなった場合、その出資持分は相続財産として評価の対象になることがあります。法人の業績が良く、長年利益を蓄積している場合には、設立時の出資額よりも持分評価額が大きくなっている可能性があります。

このため、相続が発生してから初めて持分の問題に気づくと、後継者や家族にとって大きな検討事項となる場合があります。

国税庁でも、一定の認定を受けた医療法人について、持分に係る相続税の税額控除などの制度を案内しています。適用には要件や期限があるため、実際の承継では個別の税務確認が欠かせません。

開業医の引退を検討している段階であれば、相続発生前に自院の持分状況を確認し、親族内承継、第三者承継、持分なしへの移行などを比較しておくことが、選択肢を整理するうえで有効です。

 

持分ありから持分なしへ移行するという選択肢

持分あり医療法人については、現在の形態を維持するだけでなく、持分なし医療法人へ移行する選択肢もあります。

厚生労働省は、持分あり医療法人について、持分なし医療法人への移行を促進する認定医療法人制度を設けています。認定を受け、一定の要件のもとで移行することで、相続税・贈与税に関する特例が適用される場合があります。

ただし、持分を放棄すれば自動的に税務上の問題がなくなるわけではありません。移行方法や法人の運営状況、出資者との関係などによって検討事項が異なります。

また、一度持分なし医療法人へ移行した後は、従来の持分あり医療法人へ戻ることを前提とした制度ではありません。厚生労働省の資料でも、持分なしへの移行について「後戻り」ができないことが示されています。

そのため、医院継承を見据えて持分なしへの移行を検討するときは、将来の法人運営や親族への承継、第三者へのクリニックM&Aまで含めて判断することが大切です。

 

買い手側も「持分あり・持分なし」を確認する必要がある

医療法人継承を検討する買い手側にとっても、持分の有無は重要です。

たとえば「医療法人を引き継いで開業できる案件」と聞いて検討を始めても、その法人が持分ありであれば、誰がどの程度の持分を保有しているのかを確認する必要があります。

院長本人だけでなく、配偶者や親族など複数人が出資者となっている場合には、全員の意向確認や調整が必要になるケースもあります。

また、出資持分とは別に、社員構成や理事構成も確認しなければなりません。「持分を取得したから、そのまま医療法人を自由に運営できる」という理解では、実際の法人制度とのずれが生じる可能性があります。

一方で、持分なし医療法人を引き継ぐ場合でも、財務状況や借入金、リース契約、雇用関係など、法人が抱えている権利義務の確認は重要です。

クリニックM&Aでは、「持分ありか、持分なしか」という入口の確認に加え、「何を引き継ぐことになるのか」を個別に確認することが重要です。

 

医療法人継承でよくある見落とし

医療法人継承でよくあるのは、現在の理事長だけを見て話を進め、出資者や社員の構成を十分に確認していないケースです。

とくに設立から長期間経過した医療法人では、設立当初に親族が出資していたり、社員構成が現在の実態と合っていなかったりすることがあります。

また、「出資額が500万円だから持分も500万円程度だろう」と考えるのも注意が必要です。持分あり医療法人では、法人に蓄積された純資産等によって持分評価が設立時の出資額を大きく上回る可能性があります。厚生労働省も、出資持分の払戻しや相続が法人経営に与える影響を持分あり医療法人の課題として整理しています。

反対に、持分なし医療法人であれば何も確認する必要がないわけではありません。社員、理事、理事長の変更方法や定款、法人が保有する資産・負債などを確認したうえで、承継後の運営体制を設計する必要があります。

 

医院事業継承では「法人の中身」を確認することが大切

医療法人の「持分あり」と「持分なし」は、単なる制度上の分類ではありません。

持分あり医療法人では出資持分という財産的な権利が存在するため、クリニック継承において持分の評価や移転、相続、出資者との調整が重要な論点になります。一方、持分なし医療法人では出資持分の売買によって法人を承継するわけではないため、社員や理事など法人運営体制の引き継ぎが中心になります。

また、2007年4月以降は新たな持分あり医療法人を設立できないことから、既存の持分あり医療法人には制度上の希少性があります。しかし、それだけを理由に承継価値が決まるものではありません。

クリニックM&Aで重要なのは、持分の有無だけでなく、診療実績、立地、患者基盤、スタッフ、設備、財務状況、法人内部の権利関係を一体として確認することです。

売り手側にとっても買い手側にとっても、まず「この医療法人はどのような法人なのか」を正確に把握することが、納得感のある医院事業継承への第一歩になります。

 

3. 最後に

医療法人の継承を検討するときは、「持分あり」「持分なし」の違いを確認することが重要です。特に持分あり医療法人では、出資持分の評価や出資者構成、相続・税務上の問題など、個人開設のクリニックとは異なる論点があります。

一方で、制度が複雑だからといって、医療法人継承そのものを難しく考えすぎる必要はありません。まずは定款や出資者・社員・役員の状況を確認し、自法人がどのような状態にあるのかを整理することで、親族内承継、第三者承継、持分なし医療法人への移行など、検討すべき選択肢が見えやすくなります。

クリニック継承ナビでは、クリニック継承や医療法人継承、クリニックM&Aを検討する先生方に向けて、法人の状況整理から承継先の検討までを支援しています。引退時期や承継方法がまだ決まっていない段階でも、まずは自院の法人形態を確認するところから始めてみてはいかがでしょうか。

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